正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發光體的影響，導致遺傳因子標準的變質，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之后，他（THE ONE）從防衛廳內的特殊機關BCST（對生物工程學的研究機關）的監視下逃走，從此就沒了音訓。
另一方面，航空自衛隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發光體”在空中相遇。這是the one事件后3個月發生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉職成為了民航機飛行員，展開了新生活。對這樣的真木還是有機關非常關注，尤其是BCST中的化學擔當官水原沙羅，BCST將真木強制帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身體上的監視。此時行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THE ONE攻擊而瀕死的真木，身體發生了變化，在紅色光球的力量之下變身了！變成身高10M擁有銀色光芒的鋼鐵身體型態，偶而還有自己意志的真木，跟THE ONE展開作戰，但是因為變身不完全，能量快速消耗，在遭到決定性的一擊后變回了真木舜一的型態。然后沙羅將這個在THE ONE之后出現的生命體定名為“THE NEXT”。
真木在從東京被護送回BCST研究室的途中得知了兒子繼夢入院的消息,在趕到醫院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此時,人類最大的危機出現了,在吸收了各式各樣的生物進入體內而產生變異的"THE ONE"重返出現在新宿的街道上,從口中發出的的超絕火炎光彈將街道燒毀殆盡有慟的人格已經被"THE ONE"取代,已經成為不能變回為人的狀態。不過那樣的有慟以前與水原沙羅卻是有著婚約的情侶為了沙羅心中的回憶，并且為了跟兒子繼夢的約定，為了保護心愛的家族，真木再次變身。那個姿態更加進化成巨大化40m，在間接部有像流血般的紅色，兩肘的特征是出現肘刀。現在，以新宿副市中心為舞臺，ULTRAMAN與"THE ONE"的決戰之火開始燃燒了！